Code produit : BCH-12

Les protéines. Aspects fondamentaux pour maîtriser le choix, la manipulation, la production et la purification de cibles protéiques

  • Vous connaîtrez précisemment la structure intime et le repliement des protéines dans l'espace.
  • Vous saurez choisir les bons outils bio-informatiques pour manipuler les protéines.
  • Vous serez en mesure de développer une stratégie de production et de purification de vos protéines.
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Objectifs pédagogiques

La formation a pour objet de reprendre en profondeur la constitution des protéines (acides aminés, forces d’interaction, repliement dans l’espace) et leur manipulation à l’aide d’outils bio-informatiques (bases de données, logiciels d’analyse et d’observation 3D) pour aider dans le choix de cibles protéiques et développer une stratégie de production et purification de la protéine d’intérêt. L’étude de cas des participants est possible.

À l’issue de cette formation, les participants auront une connaissance approfondie de la structure et du repliement dans l’espace des protéines et des propriétés physico-chimiques qui en découlent. Ils sauront manipuler ces protéines à l’aide d’outils bio-informatiques (bases de données, logiciels d’analyse et d’observation 3D). Ces connaissances maîtrisées, les parties portant sur les techniques d’expression et de purification des protéines leur permettront de cibler une protéine et développer une stratégie de production et purification adaptée à l’étude structurale, topologique et fonctionnelle envisagée.

Programme

Connaissances essentielles

  • Que dois-je connaître des protéines et pour quelles applications pour y parvenir?
  • Les acides aminés
  • Structure
  • Propriétés physicochimiques
  • Les protéines
  • Biosynthèse
  • Repliement et complexes
  • Forces d’interaction
  • Répartition des acides aminés
  • Protéines membranaires
  • Études de cas

Collection des données disponibles

  • Quelles informations puis-je obtenir sur ma cible?
  • Les bases de données : PBIL, EXPASY
  • Les outils bioinformatiques
  • Les alignements
  • Les motifs et domaines
  • Les prédictions 2D et 3D
  • Les logiciels d’observation (Swiss PDB viewer, Pymol, autres)
  • Localisation
  • La littérature - Pubmed / Scifinder - Google et équivalents
  • Études de cas

Comment produire ma protéine ?

  • Quel matériau privilégier pour quel objectif?
  • Diagnostic vs production en masse (> 1g)?
  • Protéine naturelle vs recombinante?
  • Protéine soluble ou membranaire?
  • Protéine monomérique, oligomérique, en complexe?
  • Méthodes d’expression/production
  • Expression dans les bactéries
  • Expression dans les levures
  • Expression dans les cellules d’insecte
  • Expression dans Leishmania tarentolæ
  • Expression dans les cellules de mammifères
  • Expression in vitro
  • Usage des codons et optimisation de la séquence
  • Logiciels de clonage
  • Sociétés de clonage et clones disponibles
  • Toxicité
  • Études de cas

Comment purifier ma protéine ?

  • Quels méthodes sont disponibles ?
  • Fractionnement
  • Décapage
  • Extraction à l’aide de détergents
  • Echange d’ions
  • Purification sur résines d’affinité
  • Nickel et équivalents
  • Anticorps
  • Streptag
  • Ligands divers et greffage
  • Gel de perméation
  • Gradients
  • Les appareils

Comment observer ma protéine ?

  • Méthodes électrophorétiques
  • SDSPAGE
  • Tricine PAGE
  • Blue Native PAGE
  • Western blot
  • Méthodes d’observation directe
  • Immunomarquage in situ
  • Domaine additionnel (GFP)
  • En solution
  • DLS / MALS
  • spectrophotométrie UV/visible (ligands)
  • Fluorescence, Centrifugation analytique
  • Cristallisation
  • Etudes de cas
Formateurs

Dr. P. FALSON

Informations complémentaires

Prérequis : AUCUN. Chaque formation donne lieu à l’envoi d’une attestation de fin de formation. En cas d’évaluation des acquis, les résultats sont communiqués. 

Public concerné

Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants) ayant besoin de compétences élevées sur les protéines.

Pédagogie

Remise de support de cours. La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

 

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