Code produit : BIF-01

Recherche d'informations à partir d'une séquence nucléique

  • Vous connaîtrez les différentes techniques et banques de données permettant d'obtenir un maximum d'informations concernant vos séquences ADN.
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Objectifs pédagogiques

Choisir la base de données la mieux adaptée à sa problématique et apprendre à naviguer dedans. Savoir faire une recherche de similarité et interroger les banques de données.
Comprendre les avantages et inconvénients de chaque technique ainsi que les challenges bioinformatiques et statistiques qui se cachent derrière l'utilisation des données NGS.
Comprendre le concept d'une ontologie et son utilité pour l'analyse de séquences.
Comprendre les spécificités des différents outils disponibles et être capable de se repérer dans un navigateur.
Apprendre à choisir et utiliser l'outil le mieux adapté à une question donnée.

Programme

Introduction à la recherche d'information à partir de séquences nucléiques

  • Présentation des bases de données de séquences nucléiques généralistes (GeneBank, EMBL, DDJB) et spécialisées
  • Présentation du principe et des méthodes de recherche de séquences par similarité dans les banques.
  • Présentation des outils d'interrogation des banques
  • Objectifs : choisir la base de données la mieux adaptée à sa problématique et apprendre à naviguer dedans. Savoir faire une recherche de similarité et interroger les banques de données

Pratique : recherche de similarité et interrogation des banques de séquences nucléiques

  • Introduction aux technologies NGS (Next Generation Sequencing)
  • Présentation des différentes technologies de séquençages : leurs avantages et inconvénients et leurs applications.
  • Présentation des différentes types de données analysées avec les NGS
  • Objectifs : comprendre les avantages et inconvénients de chaque technique ainsi que les challenges bioinformatiques et statistiques qui se cachent derrière l'utilisation des données NGS

Gene Ontology (GO)

  • Présentation de GO, GO Annotation (GOA), BlastToGo
  • Objectifs : comprendre le concept d'une ontologie et son utilité pour l'analyse de séquences
  • Pratique : utilisation de QuickGO pour naviguer dans GO et rechercher des annotations particulières. Utilisation de BlastToGo pour annoter des séquences

Accéder aux génomes et à leurs annotations

  • Présentation des différents navigateurs de génomes (dont le projet Ensembl) : avantages et limites de chacun
  • Objectifs : comprendre les spécificités des différents outils disponibles et être capable de se repérer dans un navigateur
  • Pratique : utilisation d'Ensembl (recherche et visualisation de différentes informations sur un gène donné)
  • Analyser, manipuler et visualiser des données génomiques sans programmation
  • Présentation du projet EMBOSS et des plateformes web BioMart et Galaxy
  • Objectifs : apprendre à choisir et utiliser l'outil le mieux adapté à une question donnée
  • Pratique : utilisation de BioMart (requêtes simples et complexes) et Galaxy - mise en place d'un workflow (enchaînement de différentes opérations sur un jeu de données)
Formateurs

Mme. A.S. SERTIER

Informations complémentaires

Prérequis : AUCUN. Chaque formation donne lieu à l’envoi d’une attestation de fin de formation. En cas d’évaluation des acquis, les résultats sont communiqués. 

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

 

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