Code produit : BIF-04

Visualisation, analyse, manipulation et recherche d'informations à partir d'une structure 3D de protéine

  • Vous connaîtrez les banques de données structurales disponibles via le web.
  • Vous saurez analyser et manipuler une structure 3D de protéines.
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Objectifs pédagogiques

Acquérir une connaissance générale sur les banques de données structurales disponibles via le web (PDB, PDBsum, Cath, Scop,etc.).
Initiation aux bases de la modélisation moléculaire et plus particulièrement à la modélisation par homologie.
Analyser et manipuler une structure ou un modèle 3D de protéine.
La modélisation par homologie : apprendre à construire et à juger de la pertinence d’un modèle.
Analyser et manipuler une structure 3D de macromolécules.

Programme

1ère journée
Journée consacrée à la découverte et manipulation de structure 3D de protéines

  • La structure 3D de protéine: acquisition, visualisation et manipulation
  • Présentation des grandes techniques expérimentales d'acquisition de structure 3D des protéines (cristallographie, RMN)
  • Les caractéristiques d'une structure 3D de protéine (structures 2D, etc.)
  • Le format de fichier PDB et les outils de visualisation de ces fichiers du plus simple au plus professionnel (Rasmol, VMD, SYBYL, etc.)
  • Les bases de données structurales (PDB, Cath, Scop, etc.) et spécialisées (PDBsum, bases de données de mutation, etc.)
  • Présentation des bases de données existantes autour des structures 3D des protéines
  • Des TPs seront réalisés autour des bases de données et de la visualisation de structures 3D de protéine

2ème journée
Journée consacrée à l’analyse de structures 3D de protéines

  • La structure 3D de protéines : construction d’un modèle 3D, les différentes méthodes (homologie, threading, de novo)
  • Présentation des différentes techniques actuelles de modélisations de structure 3D de protéines
  • Présentation détaillée de la technique de modélisation par homologie
  • Des exemples de modélisation seront réalisés en TP
  • Qu'appelle-t-on une « bonne » structure ? les méthodes d'analyse et de validation des structures 3D de protéines
  • Quels sont les critères permettant de discriminer une bonne d'une mauvaise structure 3D de protéines ?
Formateurs

Dr. E. BETTLER.

Informations complémentaires

Prérequis : AUCUN. Chaque formation donne lieu à l’envoi d’une attestation de fin de formation. En cas d’évaluation des acquis, les résultats sont communiqués. 

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens.

 

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