Code produit : BIF-08

Formation au logiciel R

  • Vous saurez utiliser, sous R, les principales analyses statistiques nécessaires en biologie.
  • Vous saurez réaliser des graphiques sous R et connaitrez les principales bibliothèques utiles en biologie.
  • Nouveau
  • Evaluation
Objectifs pédagogiques

Acquérir les compétences nécessaires à l'utilisation du logiciel R.
Connaître les principales analyses statistiques nécessaires en biologie et les utiliser sous R.
Réaliser des graphiques sous R.
Connaître les bibliothèques R utiles en Biologie.

Programme

Éléments de base de R

  • Introduction
  • L'application, l'archive du CRAN et les sites miroirs,
  • Les bibliothèques (packages)
  • Lancement de l'application, sauvegardes, documentation
  • Objets, opérateurs et fonctions, valeurs manquantes
  • Structure de données : vecteurs, facteurs, listes, matrices, data.frame
  • Entrées/sorties de données,
  • Structures de controle : exécutions conditionnelles (if, else), boucles (for, while), les fonctions apply
  • Création d'une fonction, portée des variables

Introduction aux graphiques avec R

  • Visualiser les données, une étape essentielle de l'analyse exploratoire des données
  • R, un outil flexible et puissant pour réaliser des graphiques
  • Fonctions graphiques principales et secondaires
  • Graphiques appropriés aux variables quantitatives, qualitatives, croisées ajouter des éléments à un graphique, options des graphiques et paramètres dispositifs graphiques et formats de sortie des graphiques

Statistiques de base sous R

  • Statistiques descriptives : moyenne, médiane, variance, écart-type, quantiles, covariance, corrélation
  • Test d'hypothèses : principe, risques, hypothèse nulle et hypothèse alternative,règle de décision, p-value, choix d'un test statistique (paramétrique, non paramétrique, tables de contingence
  • ANOVA à 1 et 2 facteurs
  • Régression linéaire; graphiques diagnostiques de la régression
  • L'objet modèle linéaire dans R

Introduction à quelques bibliothèques R utiles en biologie/bioinformatique

  • Bioconductor
  • Exemples d'utilisation de seqinR, ade4, ape
  • Classification non supervisée (hclust, kmeans, som)
  • Exemple d'utilisation de biomaRt
Formateurs

Mme C. Oger - M. G. Perrière

Informations complémentaires

Prérequis : AUCUN. Chaque formation donne lieu à l’envoi d’une attestation de fin de formation. En cas d’évaluation des acquis, les résultats sont communiqués. 

Public concerné

Personnels scientifiques et techniques souhaitant maîtriser R

Pédagogie

La formation repose sur une riche iconographie (films et photos) que les participants sont amenés à commenter dans une dynamique interactive. Remise de support de cours. La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

 

  • Nouveau
  • Evaluation
Contact Formation Interentreprises
Aurélie TRICARD
Chargée de Missions
Tél : 01 41 10 26 22

a.tricard@ifis.fr

Organiser la formation dans votre entreprise
Contact Formation Intra-entreprise
Lisa FERNANDEZ
Chargée de Relations Clientèle
Tél : 01 41 10 26 91

l.fernandez@ifis.fr