Code produit : BIF-14-B

Analyse des données rna-seq sous l'environnement galaxy

  • Vous saurez mettre en œuvre l'analyse de vos données via un serveur web galaxy par l'intermédiaire des principales méthodes et outils d'analyse des données.
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  • Evaluation
Objectifs pédagogiques

Acquérir les connaissances générales sur les méthodes de séquençage à haut-débit.
Connaître les caractéristiques des données obtenues dans le cadre de l’analyse du transcriptome (RNA-seq).
Savoir planifier une expérience simple de type RNA-seq en fonction de ses objectifs scientifiques et des caractéristiques et contraintes expérimentales.
Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq . Pouvoir les mettre en oeuvre dans un cas simple via un serveur web Galaxy.
Pouvoir visualiser les résultats dans un navigateur de génome.

Programme

Théorie - Introduction générale, caractéristiques des données de séquences

  • Caractéristiques des jeux de données de séquences (454, Hiseq/MiSeq, IonTorrent, PacificBiosciences)
  • Présentation générale des problématiques de calcul et de stockage de données NGS
  • Formats de fichiers
  • Analyse qualité
  • Base de données Short Read Archive

Pratique - Récupération des données, analyse qualité

Théorie - Introduction à Galaxy

  • Présentation de l’interface web de Galaxy
    • Vue d’ensemble des outils d’analyse de données NGS disponibles sous Galaxy
    • Introduction à la création et au partage de Workflows/ “Chainage de Tâches” sous Galaxy
  • Présentation de l’instance Galaxy du PRABI - (support informatique des TD et guichet de services)

Théorie - RNA-seq objectifs, plan d'expérience et analyse de données

  • Transcriptions procaryote, euracyote
  • Objectifs biologiques
  • annotation, mesure de l’expression (analyse différentielle), recherche des isoformes d'un gène et quantification, recherche de variants SNP...
  • Acquisition expérimentale
    • Choix techniques expérimentaux en fonction des objectifs (longueurs des séquences, profondeur de séquençage, déplétion des ARN ribosomiques, séquençage orienté...)
    • Importance du plan d'expérience
  • Alignement des séquences sur un génome de référence
    • Sans épissage (Bowtie), principe, format de fichiers
    • Avec épissage (Tophat, STAR...)
    • Analyse qualité des alignements
    • Visualisation (navigateur UCSC, IGV)
  • Quantification et analyse différentielle
    • Attribution des lectures aux gènes ou aux transcrits et quantification (htseq, cufflinks)
    • Notion de RPKM
    • Notions de statistiques utiles pour les analyses de données de séquences haut-débit
    • Analyse différentielle de l'expression des gènes (normalisation, DESeq2, tests multiples )
  • Sans génome de référence : assemblage de novo de trancriptome
    • Présentation de Trinity : assemblage de transcrits
    • Présentation de KisSplice : assemblage local, recherche de variants d'épissage, de SNP, analyse différentielle et visualisation (UCSC)

Pratique - RNA-seq - Expression différentielle

  • Pipeline tophat / cufflinks
  • Pipeline tophat / htseq / DEseq, edgeR

Pratique - RNA-seq sans génome de référence

  • Trinity
  • KisSplice, KissDE
Formateurs

Dr C. Oger
Dr. P. Veber
Dr. V. Lacroix

Informations complémentaires

Prérequis : AUCUN. Chaque formation donne lieu à l’envoi d’une attestation de fin de formation. En cas d’évaluation des acquis, les résultats sont communiqués. 

Public concerné

Biologistes (chercheurs, ingénieurs, étudiants) ayant en projet ou en cours des expériences de RNA-seq ou ChIP-seq.

Pédagogie

La formation repose sur une riche iconographie (films et photos) que les participants sont amenés à commenter dans une dynamique interactive. Remise de support de cours. La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

 

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Aurélie TRICARD
Chargée de Missions
Tél : 01 41 10 26 22

a.tricard@ifis.fr

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