Code produit : BMC-19

Méthodes de préparation des échantillons biologiques pour le séquençage nouvelle génération (NGS)

  • Les nouvelles technologies de séquençage à très haut-débit révolutionnent de nombreuses approches expérimentales en biologie moléculaire et évolutive. Leurs applications couvrent de très nombreux domaines aussi divers que la transcriptomique, la génomique, l’épigénomique, ou encore la métagénomique. Ces applications génèrent toutes des quantités impressionantes de séquences courtes et exigent des échantillons de bonnes qualités. Notre formation a pour objectif de vous permettre de mieux préparer vos échantillons.
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Objectifs pédagogiques

Mieux appréhender les très nombreux domaines : la transcriptomique, la génomique, l’épigénomique, la métagénomique dans lesquels sont impliqués les techniques de séquençage à haut débit.
Savoir correctement préparer ses échantillons.

Programme

Préparation d’échantillons pour le séquençage NGS dans le cadre d’étude sur le transcriptome, génome, régulome, épigénome et métagénome

  • Les techniques de prélèvement, de transport, de conservation des échantillons biologiques
  • Les techniques d’extraction d’acides nucléiques (ARN, ADN, miRNA) sur échantillons frais, congelés ou fixés
  • Le cas des plantes, des insectes, des bactéries et d’échantillons complexes
  • Les méthodes de quantification et de qualification des acides nucléiques
  • La détection de contamination
  • Les techniques d’amplification des ADN, ARN ou miRNA avant séquençage

Les technologies de séquençage

  • Les technologies de séquençage  2ème et 3 éme génération
  • Le vocabulaire du séquençage (notion de profondeur, couverture…)
  • Quelle technologie choisir en fonction des analyses à réaliser (courts ou longs fragments)

Les méthodes d’analyse du transcriptome et du miRNome

  • Les techniques de mRNA-seq ou de wholeRNA-seq (eucaryotes, procaryotes et virus)
  • Les analyses possibles à partir de données RNA-seq (étude de polymorphismes, ARN fusion, variants d’épissage, etc..)
  • RNAseq sur cellules fixées ou échantillons dégradés
  • RNAseq sur microquantités (<1ng)
  • Les techniques d’enrichissement d’ARN
  • Les techniques de séquençage de novo
  • Le séquençage des miRNA (smallRNA-seq)
  • Exemple d’analyse à partir d’exosomes ou de fluides biologiques
  • Autres applications du NGS sur les ARN (GROseq, RIPseq, CLASHseq)
  • Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,...

Les méthodes d’analyse du génome et du régulome

  • Les techniques de DNA seq (eucaryotes, procaryotes et virus)
  • Les techniques d’enrichissement de génome ou partie de génome
  • DNAseq sur cellules fixées (FFPE) et échantillons dégradés
  • DNAseq sur microquantités
  • Application pour l’étude de variants structuraux
  • Application au séquençage de novo
  • Principes et applications de quelques technologies (ATAC seq, FAIRE seq…..)
  • Etude de la méthylation par BS-seq (Bisulfite séquencing)
  • Etude de la méthylation par RRBS (Reduced representation bisulfite sequencing)
  • Etude de régulome par ChIP-seq
  • Questions diverses : quelle profondeur de séquençage, les contrôles qualité, le nombre de réplicats biologiques,…

Etude du métagénome : technologies permettant de caractériser une population bactérienne, virale ou fongique dans différents contextes de microbiote

  • Analyse de rADN 16S (bactéries)
  • Analyse des ITS (Internal Transcribed Spacer)
  • Analyse par  Shotgun

Les technologies d’enrichissement de génome ou transcriptome par rapport à des génomes hôtes

  • Présentation?
  • Exemples de cas analysés au cours de la séance

Autres applications du NGS : technologies permettant de rechercher l’association entre génotype et phénotype dans différents systèmes biologiques

  • Le transposon-Seq (Tn-seq, INS-seq),
  • Le barecoding seq (Bare-Seq)
  • Autres technologies

Les technologies d’analyse génomique sur cellules uniques

  • Technologies de séparation des cellules individuellement (capture laser, techniques de dropplet, de microfluidique, de dilution, de DEP, etc…)
  • Approches pour l’analyse du transcriptome, du génome et du méthylome sur cellules uniques
Formateurs

Dr. J. Lachuer

Informations complémentaires

Prérequis : AUCUN. Chaque formation donne lieu à l’envoi d’une attestation de fin de formation. En cas d’évaluation des acquis, les résultats sont communiqués.

Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, médecins, biologistes.

Pédagogie

La formation repose sur une riche iconographie que les participants sont amenés à commenter dans une dynamique interactive Remise de support de cours La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.

 

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Aurélie TRICARD
Chargée de Missions
Tél : 01 41 10 26 22

a.tricard@ifis.fr

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